یکی از مسائلی که همواره از قدیم محل بحث و اختلاف بوده مسئله ملاک تمایز علوم است. از مهمترین نظریات در باب ملاک تمایز علوم نظر مرحوم آخوند خراسانی است، تقریر مشهور از نظر وی این است که مسائل هر علمى از جمله قضایایى است که این قضایا از نظر موضوع و محمول متشتت و مختلف هستند اما همه آنها به واسطه غرض علم کنار یکدیگر جمع میشوند و به جهت همین تشتت بعضى از مسائل در دو علم وارد مىشوند و لذا سبب تمایز و جدا ساختن علوم همان اغراض است اما با بررسی دقیق مطالبی که وی در کتابش ارائه کرده، میتوان ادعا کرد که از نظر او مجموعه مسائل یک مرکب است و مرکب جامع میخواهد و میز این مرکب و تسمیه آن با همان جامع حل میشود و غرض هم معرف این جامع است نه اینکه تمایز به غرض باشد. نظر و دیدگاه دیگر در باب تمایز علوم، نظریه سنخه امام خمینی است، از منظر وی نظریه تمایز به موضوع نادرست است، همچنین تمایز به غرض نیز غیرقابل قبول میباشد و علوم از کنار هم قرار گرفتن قضایای متشتت تشکیل شدهاند و در واقع هرکدام از آنها یک مرکب است و در مرکب بما هو مرکب، یک وحدت و تمایز اعتباری وجود دارد و این که تدوین و تسمیه علوم ناظر به همین وحدت و تمایز اعتباری است و راه شناخت جامع، غرض میباشد. این دیدگاه با تقریر دوم از نظریه آخوند دارای نسبت و چه بسا دارای قرابت است. این مقاله ابتدا تقریری دیگر-غیر از تقریر مشهور- از نظریه تمایز علوم آخوند خراسانی ارائه میکند سپس نظریه سنخه امام خمینی را تبیین و به نسبت نظر مرحوم آخوند و امام خمینی با یکدیگر میپردازد.